ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി കേരളയുടെ കീഴിലുള്ള സംവിധാനമാണ് മസ്ജിദ് കൗൺസിൽ കേരള.അറുനൂറോളം പള്ളികൾ മസ്ജിദ് കൗൺസിലിനു കീഴിലുണ്ട്. പള്ളികളുടെ കോഡിനേഷൻ, പള്ളികളെ മികവിന്റെ കേന്ദ്രങ്ങളാക്കുന്നതിനുള്ള നിർദ്ദേശങ്ങൾ, പളളികളുടെ കാര്യക്ഷമമായ നടത്തിപ്പിനാവശ്യമായ മാർഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ എന്നിവയാണ് മസ്ജിദ് കൗൺസിൽ നിർവ്വഹിക്കുന്നത്. ഇമാമുമാർ, ഖത്വീബുമാർ എന്നിവർക്ക് പരിശീലന പരിപാടികൾ സംഘടിപ്പിക്കുന്നു.ഇമാമുമാരുടെയും മുഅദ്ദിനുകളുടെയും ക്ഷേമത്തിനു വേണ്ടി പ്രത്യേകം സംവിധാനങ്ങളും കൗൺസിലിനു കീഴിലുണ്ട്. മഹല്ല് പള്ളികൾ, ടൗൺ പള്ളികൾ, ഗ്രാമപ്രദേശങ്ങളിലുള്ള പള്ളികൾ എന്നിങ്ങനെ തരം തിരിച്ച് ഓരോന്നിന്റെയും ഗുണമേന്മ ഉറപ്പു വരുത്തുന്നതിന് കൗൺസിൽ പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിക്കുന്നു.